管理脚本目录

📋 脚本概述

本目录包含 Ribocentre-Aptamer 项目的所有管理和维护脚本，涵盖数据管理、分析处理、资源优化等功能。

🔧 核心管理脚本

1. 统一适配体管理 (manage_aptamers.py)

功能: 统一管理有3D和无3D结构的适配体数据

主要特性:

  • 支持两种类型适配体的统一管理
  • 命令行界面简化操作
  • 自动数据验证和备份
  • 分类系统自动管理

基本用法:

# 查看系统统计
python scripts/manage_aptamers.py stats

# 验证所有数据
python scripts/manage_aptamers.py validate

详细命令:

有3D结构适配体操作

# 添加新适配体
python scripts/manage_aptamers.py add-3d "适配体名称" "链接URL" "分类名称"

# 更新现有适配体
python scripts/manage_aptamers.py update-3d "旧名称" --name "新名称" --category "新分类"

# 列出所有适配体
python scripts/manage_aptamers.py list-3d

# 按分类筛选
python scripts/manage_aptamers.py list-3d --category "Fluorescent Aptamers"

# 查看可用分类
python scripts/manage_aptamers.py categories-3d

无3D结构适配体操作

# 添加新适配体
python scripts/manage_aptamers.py add-no3d "适配体名称" "链接URL" "分类名称"

# 更新现有适配体
python scripts/manage_aptamers.py update-no3d "旧名称" --name "新名称" --category "新分类"

# 列出所有适配体
python scripts/manage_aptamers.py list-no3d

# 按分类筛选
python scripts/manage_aptamers.py list-no3d --category "Proteins"

# 查看可用分类
python scripts/manage_aptamers.py categories-no3d

2. 单独适配体管理 (add_aptamer.py)

功能: 专门管理无3D结构适配体（向后兼容）

适用场景:

  • 只需要管理无3D结构适配体
  • 保持旧工作流程的兼容性
  • 简化的操作界面

使用方法:

# 添加新适配体
python scripts/add_aptamer.py add "适配体名称" "链接URL" "分类名称"

# 更新适配体信息
python scripts/add_aptamer.py update "旧名称" --name "新名称" --category "新分类" --link "新链接"

# 删除适配体
python scripts/add_aptamer.py delete "适配体名称"

# 列出所有适配体
python scripts/add_aptamer.py list

# 按分类筛选
python scripts/add_aptamer.py list --category "Proteins"

# 验证数据完整性
python scripts/add_aptamer.py validate

# 查看所有可用分类
python scripts/add_aptamer.py categories

📊 数据处理脚本

3. 序列数据更新脚本

update_post_tags_from_sequence_json.py

功能: 从序列JSON文件更新文章标签

python scripts/update_post_tags_from_sequence_json.py

update_post_tags_from_sequence_json_fixed.py

功能: 修复版本的序列标签更新脚本

python scripts/update_post_tags_from_sequence_json_fixed.py

4. 荧光数据增强 (add_more_info_to_fluorescence_json.py)

功能: 为荧光适配体数据添加详细信息

特性:

  • 自动分析荧光适配体属性
  • 添加结构和功能信息
  • 增强数据完整性
python scripts/add_more_info_to_fluorescence_json.py

5. 链接器管理 (add_linker_to_json.py)

功能: 为JSON数据添加链接器信息

应用场景:

  • 建立适配体之间的关联
  • 添加参考链接
  • 完善数据结构
python scripts/add_linker_to_json.py

🔍 数据分析脚本

6. 结果分析工具

analyze_matching_results.py

功能: 分析匹配结果数据

python scripts/analyze_matching_results.py
  • 统计匹配成功率
  • 分析数据质量
  • 生成分析报告

generate_keyword_freq.py

功能: 生成关键词频率统计

python scripts/generate_keyword_freq.py
  • 分析文档关键词分布
  • 生成词频统计
  • 支持搜索优化

7. 结构数据处理

parse_structures.py

功能: 解析结构数据文件

python scripts/parse_structures.py
  • 处理PDB结构文件
  • 提取结构信息
  • 标准化数据格式

extract_refs.py

功能: 提取参考文献信息

python scripts/extract_refs.py
  • 从文档中提取引用
  • 格式化参考文献
  • 建立引用数据库

🧹 数据清理脚本

8. Excel数据处理 (excel_cleaner.py)

功能: 清理和标准化Excel数据

处理内容:

  • 去除空行和无效数据
  • 标准化数据格式
  • 修复数据错误
python scripts/excel_cleaner.py

9. 数据标准化工具

round_gc_content.py

功能: 对GC含量进行四舍五入处理

python scripts/round_gc_content.py

check_linker_validity.py

功能: 检查链接器数据的有效性

python scripts/check_linker_validity.py

jsonmerge.py

功能: 合并多个JSON文件

python scripts/jsonmerge.py

10. 其他工具脚本

extractApplications.py

功能: 提取应用信息数据

python scripts/extractApplications.py

temp_phase_replace.py

功能: 临时阶段替换工具

python scripts/temp_phase_replace.py

tiquluzhizhongdewenbenchaoianjie.py

功能: 特定文本处理工具

python scripts/tiquluzhizhongdewenbenchaoianjie.py

🌐 外部API集成

11. PubMed API集成 (pubmed_api_updater.py)

功能: 自动更新PubMed文献信息

特性:

  • 自动获取最新文献数据
  • 更新引用信息
  • 同步PubMed数据库
python scripts/pubmed_api_updater.py

配置说明:

  • 需要PubMed API密钥
  • 支持批量更新
  • 自动错误处理和重试

⚡ 前端资源优化

12. JavaScript压缩 (minify-js.js)

功能: 压缩JavaScript文件以提高性能

特性:

  • 使用UglifyJS进行压缩
  • 保留关键注释
  • 生成source map
node scripts/minify-js.js

13. CSS压缩 (minify-css.js)

功能: 压缩CSS文件

特性:

  • 移除冗余代码
  • 优化选择器
  • 减少文件大小
node scripts/minify-css.js

14. 压缩效果测试 (test-minification.js)

功能: 测试和验证压缩效果

node scripts/test-minification.js

📋 脚本分类索引

按功能分类

🎯 核心管理

  • manage_aptamers.py - 统一适配体管理
  • add_aptamer.py - 单独适配体管理

📊 数据处理

  • update_post_tags_from_sequence_json.py - 序列标签更新
  • add_more_info_to_fluorescence_json.py - 荧光数据增强
  • add_linker_to_json.py - 链接器添加

🔍 分析工具

  • analyze_matching_results.py - 结果分析
  • generate_keyword_freq.py - 关键词分析
  • parse_structures.py - 结构解析
  • extract_refs.py - 文献提取

🧹 数据清理

  • excel_cleaner.py - Excel清理
  • round_gc_content.py - GC含量标准化
  • check_linker_validity.py - 链接器验证
  • jsonmerge.py - JSON合并

🌐 外部集成

  • pubmed_api_updater.py - PubMed API

⚡ 性能优化

  • minify-js.js - JavaScript压缩
  • minify-css.js - CSS压缩
  • test-minification.js - 压缩测试

按编程语言分类

Python脚本 (18个)

  • 数据管理和处理的主力工具
  • 完整的命令行界面
  • 丰富的数据验证功能

JavaScript脚本 (3个)

  • 前端资源优化
  • 构建和部署工具
  • 性能测试工具

🚀 使用指南

新手快速上手

  1. 基础操作: 从 manage_aptamers.py 开始
  2. 查看帮助: 使用 --help 参数查看详细说明
  3. 验证数据: 操作前后都要运行 validate 命令

日常维护流程

# 1. 检查当前状态
python scripts/manage_aptamers.py stats

# 2. 执行必要的操作
python scripts/manage_aptamers.py add-3d "新适配体" "链接" "分类"

# 3. 验证数据完整性
python scripts/manage_aptamers.py validate

# 4. 更新前端资源（如需要）
node scripts/minify-js.js
node scripts/minify-css.js

故障排除

常见问题

  1. 权限错误: 确保脚本有执行权限
  2. 依赖缺失: 检查Python/Node.js依赖
  3. 数据冲突: 使用验证命令检查数据完整性

调试技巧

# 查看脚本详细输出
python scripts/manage_aptamers.py --verbose

# 使用调试模式
python -m pdb scripts/manage_aptamers.py

# 检查脚本语法
python -m py_compile scripts/manage_aptamers.py

📦 依赖管理

Python依赖

主要依赖包括：

  • json - JSON数据处理
  • pathlib - 文件路径处理
  • argparse - 命令行参数解析
  • collections - 数据结构扩展

Node.js依赖

主要依赖包括：

  • uglify-js - JavaScript压缩
  • clean-css - CSS压缩
  • fs - 文件系统操作

安装依赖

# Python依赖（标准库，通常无需额外安装）
python -m pip install --upgrade pip

# Node.js依赖
npm install uglify-js clean-css-cli

🔒 安全注意事项

数据备份

所有修改数据的脚本都会：

  • 自动创建备份文件
  • 保留原始数据副本
  • 提供回滚机制

权限控制

  • 脚本只修改指定的数据文件
  • 不会访问系统敏感目录
  • 提供操作日志记录

📝 开发指南

添加新脚本

  1. 创建新的脚本文件
  2. 添加详细的文档注释
  3. 实现命令行参数解析
  4. 提供帮助信息
  5. 更新本README文档

代码规范

  • 使用有意义的变量名
  • 添加详细的注释
  • 实现错误处理
  • 提供使用示例

🔗 相关链接

  • 技术文档: ../doc/README.md
  • 项目主文档: ../PROJECT_DOCUMENTATION.md
  • 在线版本: Ribocentre-Aptamer

本脚本集合提供了完整的项目管理工具链，涵盖数据管理、分析处理、性能优化等各个方面。

最后更新: 2024年12月